至1353年,最初的三森林州已与格拉鲁斯州、楚格州、卢塞恩、苏黎世及伯尔尼等州结盟,邦联扩张后,权力及财富皆有所增加,此后至15世纪末期才有新州加入联邦。邦联在森帕赫战役(Battle of Sempach)及奈弗尔斯战役(Battle of Näfels)中对哈布斯堡作战胜利,至1460年已控制汝拉山脉至阿尔卑斯山间的大部分地区。而后于1470年代以瑞士佣兵协助打败勃艮第公国大胆的查理。瑞士于1499年在施瓦本战争战胜马克西米利安一世后,各州获得神圣罗马帝国皇帝所默许的自治权,神圣罗马帝国几乎被迫承认瑞士独立自主。
瑞士邦联在战争中取得辉煌战果,因而其善战名声闻名于欧洲。邦联的领土扩张仅于马里尼亚诺战役遭受挫败,也终结了瑞士历史上的英勇时代,邦联自此放弃以武力扩张领土。茨温利在瑞士北部州成功进行宗教改革,但却引发各州间的宗教冲突,并于1529年及1531年爆发两次卡珀尔战争(Wars of Kappel)。于1648年欧洲各国签定威斯特伐利亚和约,承认瑞士为一独立国家并确认其为中立国。
三十年战争结束后,由于经济困难、贵族垄断政权且滥用特权,而于1653年爆发农民起义。至18世纪,天主教及新教各州的冲突仍然存在,于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役(Battles of Villmergen),第一次天主教各州战胜,第二次则由新教各州战胜,伯尔尼及苏黎世两州的政治影响力则与其经济实力相符。
在俄罗斯及奥地利对法国发动的战争中,瑞士人拒绝以赫尔维蒂共和国的名义为法国军队作战。赫尔维蒂共和国的新政府中主张国家中央集权的中央集权派及恢复旧邦联体制的联邦派也有所纷争,拿破仑于1803年招集双方在巴黎进行调解,各党派无异议通过《调停法案》(Acte de médiation),恢复各州自治及邦联体制。
1815年在维也纳会议上,瑞士重获独立,并确认为永久中立国。但瑞士军队直至1860年加埃塔包围战(Siege of Gaeta)后才终止协助外国政府作战。瓦莱州、纳沙泰尔州及日内瓦州先后于1815年加入联邦,瑞士的领土从1815年起即未再变更。